組織

教職員

先生たちには、校長、教頭、主幹や講師などがいます。校長と教頭 2 名は日本国政府から派遣してもらっています。SF/SJ、中高/幼小の各校舎には 1 名ずつ責任者である主幹が配置されています。校長、教頭、主幹はフルタイムで教育経営を行っています。講師のバックアップも行います。

保護者会・保護者会役員

保護者会は補習校在籍者の保護者により構成され、本校の教育活動を支援することを目的としています。保護者会役員が各種行事の企画・運営をし、さらに学校行事（運動会、卒業式）の手伝いや各種係の手配などをします。保護者会からは 4 名を理事として選出します。

理事・理事会

理事会はサンフランシスコ日本語補習校の経営を行います。例えば、長期的な児童数の増減を考えたり、授業料の制定をしたり、校長先生を日本から招いたりします。定員 15 名までで、役職や部署があります。理事は一般保護者からの選出者、事務総長から成り立っています

運営体制

本校は「学齢期に日本へ帰国する児童生徒」の学習支援のために設置されました。これに基づき理事会は日本国政府に支援要請をし、外務省からは財政的支援を、文部科学省からは人的支援（派遣教員）をいただいています。また、在サンフランシスコ総領事館と北加日本商工会議所（JCCNC）から顧問という形でご支援をいただいています。